Mark Wouters stond vierde op de kandidatenlijst van D66 voor de gemeenteraadsverkiezingen in 2018, waarbij hij met voorkeursstemmen in de gemeenteraad werd gekozen. Hij is tevens fractievoorzitter voor D66 Heemskerk. In de periode 2014-2018 was hij ook raadslid voor D66 en eerder was hij, als opvolger van zijn vader, raadslid namens Lijst Wouters. Hij is lijsttrekker voor de gemeenteraadsverkiezingen van 16 maart 2022.

Hij is lid van de volgende raadscommissies:

• Ruimte, wonen en duurzaamheid (RWD) – lid
• Algemeen bestuur, bedrijfsvoering en financien (ABF)  – lid